在逃亡十日之後，布斯被發現躲在維珍尼亞州一處位於華盛頓南70英里（大约110公里）的農場裡。4月26日，在同聯邦軍交火後，布斯被波士頓·科貝特中士擊斃。
在刺殺發生時，軍醫查爾斯·李爾也在劇院內，立刻开展急救。他發現林肯当时几乎已经沒有任何反應、呼吸幾乎停滯甚至無法察覺脈搏。在確定林肯是被射中頭部而非原先設想的刺中肩部之後，他試圖清理頭部血塊稳定伤情，之後林肯開始能夠相對自然地呼吸。他被送過街安置到彼得森住所。在昏迷九小時之後，林肯於4月15日早間7時22分離世。在場的長老會牧師菲尼亞斯·丹斯摩爾·格利為他禱告，戰爭部長斯坦頓向他默哀并致敬，並說道：「現在，他屬於千秋萬世。」
隨後林肯被國旗所包裹的遺體在雨中由聯邦軍官護送至白宮，全城教堂鐘聲響起。在林肯逝世不到三小時之後，早上10時，詹森宣誓就職。林肯的遺體於4月19日至4月21日先是置於東廳，然後陳列在大廳。之後他和早先病逝的兒子威利的棺材裝在喪葬列車的車廂內；接下來三周，以黑色旗幟裝飾的「林肯特別號」列車運載著林肯的遺體緩慢迂迴地由華盛頓駛向春田市，在北方許多城市停留，成千上萬人參加追悼，而許多人則在鐵軌邊奏樂、點篝火以及唱聖歌，或沉默而充滿敬畏地脫帽目送火車駛過。
此件刺杀案发生在北弗吉尼亚军团的领导者罗伯特·李发出对波多马克军团投降命令后的第五天，林肯是第一个被刺杀成功的美国总统。尽管在此次刺杀30年前（1835年）曾有对安德鲁·杰克逊不成功的刺杀。此次刺杀只是作为庞大的计划的一小部分；事发当时，时任美国国务卿威廉·H·苏厄德和美国副总统安德鲁·约翰逊同样遭遇企图刺杀的情況但均未成功（刺杀人分别为路易斯·鮑威爾（英语：Lewis Powell (conspirator)）和乔治·亚瑟特（英语：George Atzerodt）），通过对美国政治上地位最高的三个人的刺杀行动，布斯和他的南方同谋希望藉此切断美国政府的联系性以挽回在南北战争中的败局。